Molecular Characterization of Some Soil Originated Trichoderma Species

Abstract

The aim of this study was the molecular characterization of the some Trichoderma species which were previously isolated by cultural sampling methods from agricultural soils. A 20 of 39 strains of Trichoderma which were identified to species level by morphological data. Their characterization studies were based on the internal transcribed spacer regions 1 and 2 (ITS 1 and ITS2) of ribosomal RNA (rRNA) and a fragment of the translation elongation factor 1-alpha (tef1 gene) sequences. Based on the sequence data and cultural examinations, strains were grouped into four which are included in: afroharzianum, atroviride, gamsii and harzianum. Among them,T. gamsii was the most encountered species. The species T. afroharzianum was reported as the first time for Turkey.

Bu çalışmada zirai topraklardan kültürel örnekleme yöntemleri ile izole edilmiş bazı Trichoderma türlerinin moleküler karakterizasyonu amaçlanmıştır. Morfolojik olarak tanımlanmış 39 Trichoderma strainin 20 si moleküler olarak karakterize edilmiştir. Karakterizasyon çalışmaları ribozomal RNA (rRNA)’nın internal transkript edilen bölgeleri 1 ve 2 (ITS 1 ve 2) ve translasyon elongasyon faktör 1-alfa (tef 1 geni) dizilimlerine göre yapılmıştır. Dizilim verisi ve kültürel değerlendirmelere göre strainler dört grup olarak değerlendirilmiştir: afroharzianum, atroviride, gamsii ve harzianum. Bunlar arasında T. gamsii en çok karşılaşılan türdür. T. afroharzianum türü Türkiye için ilk kez bildirilmektedir.