Meke Gölü ve Konya Acıgöl'ün prokaryotik çeşitliliğinin araştırılması

Abstract

Bu çalışmada, Meke Gölü ve Acı Göl’ün (Konya) prokaryotik çeşitliliği araştırılmıştır. Meke Gölü ve Acı Göl’den (Konya) 2010 yılı Ağustos ayı ve 2011 yılı Nisan ayında örnekler alınmıştır. İzolasyon Medyum A, B, C, D, E ve %12, %18, %23 MGM’de gerçekleştirilmiştir. Besi ortamlarından elde edilen saf kolonilerden 16S PCR yapılmış ve 16S PCR ürünlerine amplifiye ribozomal DNA restriksiyon analizi (ARDRA) uygulanmıştır. PCR ürünlerinin saflaştırılması ile nükleotid dizisi belirlenmiştir ve Acı Göl’e ait 46 izolattan 4 farklı strain, Meke Gölü’ne ait 220 izolattan 13 farklı strain dizilenmiştir. 16S rRNA gen dizileri NCBI’da BLAST programı kullanılarak referans diziler ile karşılaştırılmıştır. BLAST sonuçlarına göre, Acıgöl’den Bacteria domainine ait Halomonas, Marinobacter, Idiomarina, Thalassospira, Meke Gölü’nden Bacteria domainine ait Salinibacter, Salinivibrio, Halomonas, Idiomarina ve Marinobacter ve Archaea domainine ait Halorubrum belirlenmiştir. Denatüre edici gradient jel elektroforezi (DGGE) populasyon dinamiklerini çalışmak, zenginleştirme kültürlerini izlemek ve rRNA operon kopya sayısını belirlemek gibi çeşitli amaçlar için uygulanmıştır. DGGE’de zenginleştirme kültürlerinde Meke Gölü’ne ait Halorubrum sp. ve Haloterrigena limicola kültür edilebilir türler olarak belirlenmiştir. Meke Gölü’ne ait Ağustos ve Nisan ayı örneklerinden dominant türler belirlenmiştir. Dizi analiz sonuçlarına göre Bacteria domainine ait kültüre alınmamış Salinibacter sp. ve Archaea domainine ait kültüre alınmamış Archaea üyesi Ağustos ayı örneğinde dominant olarak belirlenmiştir. Benzer olarak Archaea domainine ait kültüre alınamamış bir Archaea üyesi ve Bacteria domainine ait kültüre alınmamış bir üye Nisan ayı örneğinde dominant olarak tanımlanmıştır. rRNA operon kopya sayısını belirlemeye yönelik 11 bakteriyel izolatın DGGE sonuçları, bazı bakteriyel türlerin birden fazla rRNA kopya sayısına sahip olduğunu göstermiştir. Floresan in situ hibridizasyon (FISH) hem Acıgöl hem de Meke Gölü örnekleri için uygulanmıştır. Meke örneklerinde Archaea dominant olarak belirlenmiş, Acı Göl’de ise sadece bakteriyel floresan ışıma alınmıştır. Acı göl ve Meke Gölü’nün prokaryotik çeşitliliği ilk kez karakterize edilmiştir ve bazı strainlerin varlığı Türkiye’de ilk kez gösterilmiştir.