Detection of prokaryotic microbial communities of Çamaltı Saltern, Turkey, by fl uorescein in situ hybridization and real-time PCR

Abstract

Ekstrem halofilik mikroorganizmaların fonksiyonları, etkileşimleri ve çeşitlilikleri üzerine bilinenler çoğunlukla dünyanın farklı yerlerindeki tuzlalarda gerçekleştirilmiş çalışmalardan sağlanmaktadır. Model bir habitat olarak tuzlalar, bu aşırı tuzlu ortamlardaki farklı halofilik komünitelerin kalitatif ve kantitatif tekniklerle kıyaslanmasına izin vermektedir. Çamaltı Tuzlası Ege Denizi kıyısında Türkiye’nin en büyük tuzlasıdır ve ülkede tüketilen tuzun çoğu burada üretilir. Bu çalışmada, Çamaltı Tuzlası’ndaki prokaryotik komünitelerin tespiti iki kültür bağımsız teknikle gerçekleştirilmiştir. Eş zamanlı PZR ve fluoresan in situ hibridizasyon tekniği (FISH) Çamaltı Tuzlası’ndaki mikrobiyal populasyonların analizi için kullanılmıştır. DAPI ile boyanan hücrelerin % 48 ila % 67’si EUB338 probu ile % 33 ila % 57’si ise ARC915 probu ile hibridizasyon göstermiştir. Çevresel DNA ile yapılan eş zamanlı PZR deneylerinin tekrarlanabilirliği yetersiz olarak değerlendirilmiştir. Bununla beraber, FISH analizleri eş zamanlı PZR kombine edilmelidir ve bu iki teknik birlikte hipersalin çevrelerin hızlı ve kantitatif özelliklerinin eldesinde kullanılabilir.

Knowledge of the functions, interactions, and diversity of extremely halophilic microorganisms mostly comes from the results of studies performed in different salterns throughout the world. As model habitats, salterns allow the comparison of different techniques used for qualitative and quantitative analysis of halophilic communities in these hypersaline environments. Çamaltı Saltern is the biggest coastal solar saltern located on the Aegean coast of Turkey, and it produces most of the salt consumed in the country. In the present study, detection of prokaryotic communities of the Çamaltı Saltern was performed using 2 culture-independent methods. Real-time polymerase chain reaction (RTPCR) and fl uorescein in situ hybridization (FISH) techniques were evaluated to analyze the microbial populations of Çamaltı Saltern. Of the Çamaltı samples, 48% to 67% were hybridized with the EUB338 probe and 33% to 57% were hybridized with the ARC915 probe. Repeatability of the RT-PCR experiments with environmental DNA was considered insufficient. However, FISH analysis may be combined with RT-PCR and these 2 techniques may be used in tandem to rapidly reveal quantitative aspects of the microbial population of hypersaline environments.