Multikanonik Simülasyon Yöntemi ile Peptidlerin Enerji Yüzeylerinin İncelenmesi

Abstract

Biyolojik makromoleküllerin bilgisayar simülasyonlannda, fiziksel niceliklerin değerlendirilmesi ve yapısal özelliklerinin anlaşılması, sistemin sahip olduğu konfigürasyon uzayının ne kadar kapsamlı tarandığına bağlıdır. Son yıllarda bir hayli ilerleme kaydedilmesine rağmen karmaşık sistemlerin enerji yüzeylerinin topografisinin bulunması ve düşük enerji konformasyonlarının tümünün ortaya çıkarılması güncel araştırma konularındandır. Multikanon2ik simülasyon yöntemi ile tek bir simülasyondan tüm sıcaklık bölgelerindeki sistemin davranışlarını değerlendirmek mümkün olduğundan, şeçilen peptidin istenen termodinamik nicelikleri hesaplanmış ve sistemin enerji yüzeyinin topografisi ortaya çıkarılmıştır.

The evaluation of physical quantities and the structural properties of biological macromolecules by computer simulations depend on how efficiently the configuration spaces of the systems are studied. In spite of the advancements, investigation of the topography of energy surfaces and the whole spectrum of low energy microstates of complex systems are considered between the research topics of increasing interest. Since the behaviour of the system at all temperatures can be determined from one single simulation with multicanonical simulation method, the desired thermodynamical quantities were evaluated and the topograhies of the energy surface are given.