Tuz Gölü bakterilerinin karakterizasyonu ve mevsimsel dağılımı

Abstract

Bu çalışmada Tuz Gölü bakterilerinin karakterizasyonu ve bunların mevsimsel dağılımlarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Gölün 5 farklı noktasından Ağustos 2003-Ekim 2005 tarihleri arasında örnekleme yapılmıştır. Farklı besiyerleri kullanılarak 122 adet aerobik halofilik bakterinin izolasyonu gerçekleştirilmiş ve bu izolatların bazı biyokimyasal ve antibiyotiklere karşı hassasiyet testleri yapılmıştır. Bazı izolatların toplam hücre protein profilleri SDS-PAGE ile çıkarılarak buradan oluşturulan benzerlik dendogramları, referans halofillerle ve kendi aralarındaki ilişkinin ortaya konmasında kullanılmıştır. Farklı koloni morfolojisine sahip olan izolatlardan 25 tanesi seçilerek bunların 16S rRNA dizi analizlerine göre identifikasyonları gerçekleştirilmiş ve bunların Archaea domaininden Haloarcula, Haloferax, Halorubrum ve Halomicrobium ve Bacteria domaininden Chromohalobacter genusuna ait oldukları belirlenmiştir. Mayıs 2005, Temmuz 2005 ve Ekim 2005 örneklerinde ise kültür bağımsız testlerle kommünite analizine yönelik çalışmalar olan floresan in situ hibridizasyon (FISH), denatüre edici gradient jel elektroforezi (DGGE) ve 16S rRNA klonları ile gen kütüphanesi oluşturulması metodları uygulanmıştır. FISH çalışmaları ile Bacteria üyelerinden Salinibacter'in Tuz Gölündeki varlığı ilk defa olarak ortaya konmuştur. DAPI boyamaları ile örneklerdeki Archaea, Bacteria ve toplam hücre sayıları açığa çıkarılmıştır. DGGE yöntemi ile Archaea jelinden Haloquadra walsbyi, Archaeoglobus profundus, Halorubrum sp., Halobacterium saccharovorum ve Halorubrum orientalis, Bacteria jelinden ise Cytophaga sp., Salinibacter ruber ve Halophilic eubacterium EHB-2 varlığı ilk defa olarak bildirilmiştir. 16S rRNA kütüphanesi çalışmasıyla da dizi analizleri sonrası Archaea klonları arasında Haloquadra walsbyi, Halosimplex carlsbadanse, Haloterrigena thermotolerans ve Halorubrum sp., Bacteria klonları için Salinibacter ruber strain POLA 13, Salinibacter ruber strain POLA 18, Halophilic eubacterium EHB-2 ve Halophilic eubacterium EHB-4, Halanaerobacter lacunarum, Acinetobacter baumannii ve Cytophaga sp. varlığı ilk defa olarak ortaya konmuştur. Göldeki baskın Archaea üyesi organizmanın Haloquadra walsbyi ve baskın Bacteria üyesinin Salinibacter ruber olduğunu gösterilmiştir.